Наиболее распространенным заболеванием у кроликов является кокцидиоз, вызывающий высокую смертность у молодняка, отставание в росте, высокие потери живого веса, ухудшение питательных качеств мяса и выбраковку печени больных животных.

Лечение начинают с устранения всех недостатков в кормлении и содержании кроликов, а также предрасполагающих факторов. Дифференцировать кокцидиоз необходимо от туберкулеза и псевдотуберкулеза, некробациллеза и других, сходных заболеваний. Основным диагностическим критерием является обнаружение спор кокцидий при микроскопическом исследовании. Затем применяют кокцидиостатики, сульфаниламиды и  нитрофурановые препараты.

В одном и том же кролиководческом хозяйстве нельзя продолжительное время применять один и тот же лекарственный препарат, т.к. у кокцидий к большинству лекарственных препаратов вырабатываются устойчивые штаммы и через 1-2 года, ранее эффективные кокцидиостатики, теряют свои профилактические и лечебные свойства.

Кроме специфической терапии, кокцидиоз кроликов следует лечить с добавлением к рациону витаминов А, В1. Можно их поить кисломолочными продуктами, простоквашей, кефиром, добавлять к еде ацидофильные бактерии. Также следует пересмотреть состав пищи, уменьшить продукты, содержащие белок, такие как пшеничные отруби, люцерну и другие бобовые.

Заболевания намного легче предупреждать, чем лечить. Потому профилактика кокцидиоза у кроликов так важна. Особенно тщательно ее нужно проводить при выращивании молодняка. Содержать молодняк следует малыми группами, не больше 25 особей в клетке. Желательно, чтобы все животные были приблизительно одного возраста. Клетки нужно регулярно чистить и дезинфицировать. Поскольку кокцидии практически нечувствительны к химическим средствам дезинфекции, лучше всего обеззараживать клетки путем обжигания их паяльной лампой. В помещении, где содержаться кролики, не должно быть сквозняков и сырости. Переболевших животных следует изолировать и как можно быстрее отправить на убой, так как они остаются носителями кокцидий.

Емкости для кормления и поилки следует разместить так, чтобы в них не попадали экскременты. Не следует бросать корм на дно клетки, чтобы он не перемешивался с выделениями. Воду в поилках следует регулярно менять, как можно чаще мыть поилки. Важно придерживаться рационального кормления, еда для кроликов должна быть качественной и свежей. Способствуют быстрому развитию кокцидий такие корма, как люцерна, отруби, кислая трава с болот, потому их количество должно быть ограничено. Белок в составе еды не должен превышать 10% на одну кормовую единицу. В весенне-летний период переход с сухих кормов на сочные, осуществлять постепенно, начиная со скармливания подвяленной зеленой травы

Кроме общих гигиенических мероприятий, профилактику кокцидиоза у кроликов можно проводить с помощью медицинских препаратов. Самый дешевый способ – профилактика йодом.Обязательно проводить ее крольчихам с 25-го дня вынашивания крольчат. Сначала каждый день наливают в поилку по 100 мл 0,01% раствора, до 5-го дня лактации. Потом нужно делать пятидневный перерыв и продолжают пропаивать с 10-го до 25-го дня кормления в дозе 200 мл 0,01% раствора в день. Такой курс способен не только предупредить болезнь у крольчихи, но и защитить молодняк.

Профилактика заболевания у  крольчат проводится после отсаживания. Первые десять дней им дают по 50 мл 0,01% раствора на одну особь. После этого положен на пять дней перерыв, и еще 15 дней отпаивают их 0,02% йодистым раствором, сначала по 70 мл, потом по 100 мл.

Раствор йода наливается в поилки по утрам до начала кормления, в процессе его приготовления нельзя пользоваться металлической посудой. Разрешается использовать любые поилки, кроме тех, которые выполнены из металла.

Для профилактики у взрослых кроликов можно использовать Байкокс. Вакцина от кокцидиоза у кроликов пока не разработана.

Необходимо помнить, что переболевшие кокцидиозом кролики остаются носителями возбудителя, по этой причине их направляют на убой. Мясо таких кроликов в пищу пригодно, кроме пораженной печени и кишечника, которые утилизируют путем сжигания. Для шкурок нет никаких ограничений. Кроликовод должен закупать новых кроликов только из хозяйств, благополучных по кокцидиозу, по ветеринарному свидетельству формы №1 или ветеринарной справке формы № 4, где будет указано, что кролики перед продажей исследованы на кокцидиоз и подвергнуты необходимой вакцинации против инфекционных болезней. При поступлении в хозяйство новой партии кроликов, перед постановкой на тридцатидневный карантин, их необходимо показать ветеринарному специалисту и в этот период провести в ветеринарной лаборатории копрологическое исследование на кокцидиоз.