Основными естественными рыбопромысловыми водоемами Чувашской Республики являются Чебоксарское, Куйбышевское водохранилище и река Сура, представляющие связанную между собой аквасистему. Кроме того, функционируют 12 рыбоводных хозяйств, занимающихся выращиванием, разведением и реализацией карпа, толстолобика, белого амура, рыбы осетровых пород. Эпизоотическая обстановка акватории водных объектов на протяжении ряда лет в целом остается стабильной.

Постоянный эпизоотический контроль состояния прудовой рыбы, своевременное и регулярное выполнение комплекса противоэпизоотических мероприятий даёт возможность не допускать массовых вспышек заразных заболеваний рыб. В 2016 году для предупреждения возникновения болезней рыб проведены эпизоотическое обследование 45 прудов и гидрохимические исследования 7 проб воды рыбоводных хозяйств.

Ветеринарными специалистами хозяйств в целях поддержания эпизоотического благополучия по бактериальным и паразитарным болезням рыб проведены профилактические обработки 1930 тыс. шт разновозрастной рыбы, а также дезинфекция 18 прудов  (общей площадью 108,8 га) и 94 бассейнов (общей площадью 1682 м²).

В течение 2016 года в республике осмотрено 379,727 тонны пресноводной рыбы. С целью предотвращения поступления в реализацию рыбы, не соответствующей требованиям пищевой безопасности, специалисты государственной ветеринарной службы осуществляют ветеринарно-санитарную экспертизу. Так, за прошедший год проведено 1574 экспертизы. По результатам ветеринарно-санитарной экспертизы возбудителей болезней рыб, опасных для здоровья человека и животных, не обнаружено.

Ежедневное проведение ветеринарно-санитарных и профилактических мероприятий предупреждает возникновение и распространение инфекционных и инвазионных болезней рыб в рыбоводных хозяйствах республики и сдерживает возникновение в воде и в культивируемых видах рыб патогенной микрофлоры. Таким образом, в 2016 году в хозяйствах по разведению рыбы не зарегистрировано заболеваний бактериальной и паразитарной этиологии, а также массовой гибели рыб.