При оценке качества грубых кормов необходимо обращать внимание не только на их питательную ценность, но и на санитарное качество, которое во многом зависит от условий хранения. При нарушении условий хранения (повышенные температура и влажность) создается среда, благоприятная для развития микроорганизмов, под воздействием которых ухудшается качество грубых кормов, снижается содержание в них водорастворимых углеводов, крахмала и жира. Если влажность корма на 1% выше допустимых пределов, то при благоприятных температурных условиях на грубых кормах начинается довольно интенсивное развитие грибов, которые разрушают белки, снижают содержание легкопереваримых углеводов. Поэтому на хранение нужно укладывать только хорошо высушенные грубые корма.

         Влажность сена, которое помещается на длительное хранение, не должна превышать для злаковых трав  15%, для бобовых  17%, а для соломы  15%.

          При влажности грубых кормов в пределах 17-17,5% развиваются потенциально опасные грибы Stachybotrusalternansи др., при влажности 18-20% рост их на кормах значительно усиливается.

           Если грубые корма были заложены на хранение в состоянии повышенной влажности, то во время хранения они нередко подвергаются самосогреванию. Этот процесс может быть гнездовым, пластовым и сплошным. Самосогреванию чаще подвергается сено, уложенное в стога или в копны; в этом случае усиливается активность микроорганизмов, обычно грибов, изменяется и состав микрофлоры, снижается количество бактерий, разрушающих крахмал, значительно увеличивается количество гнилостных бактерий. Все это приводит к ухудшению качества грубых кормов.

            Из грибов, поражающих грубые корма при хранении их во влажном состоянии, первыми появляются Alternaria, Cladosporum, Helminthosporum, Trichodermalignorum, Aspergillus, Penicillium.

            Встречаются на некоторых грубых кормах виды фузариев, обладающих высокой токсичностью и эстрогенными свойствами. Они могут развиваться при температуре 3-5⁰ и при незначительной влажности корма.

             Чтобы предупредить поражение грубых кормов во время хранения, БУ ЧР «Канашская зональная ветлаборатория» Госветслужбы Чувашии рекомендует ветеринарным специалистам и руководителям своевременно убирать корма, скирдовать их в сухом состоянии, удалять из стогов пучки сена или соломы с повышенной влажностью и не допускать увлажнения их во время хранения. При укладке скирды для нижнего слоя, лежащего непосредственно на земле, нужно брать солому или сено, не имеющее хозяйственного значения, т. к. нижние слои кормов, как правило, увлажняются и поражаются микроорганизмами. Следует также укрывать вершину скирды, которая подвержена непосредственному воздействию осадков.

             Даже в хорошем и правильно убранном сене при хранении  происходят изменения, связанные с его физическими свойствами. Сено обладает гигроскопичностью, т. е. способностью поглощать пары воды и различных веществ, и сорбционностью, свойством отдавать воду благодаря содержанию большого количества гидрофильных коллоидов. Поэтому влажность сена зависит от окружающего воздуха и меняется в различные времена года и даже дня, особенно если сено хранят под открытым небом. Все это нужно учитывать при хранении кормов и создавать условия, исключающие значительные колебания температуры и влажности.