Одной из главных задач государственной ветеринарной службы является обеспечение безопасности в ветеринарно-санитарном отношении продукции животноводства и растениеводства, реализуемой на продовольственных рынках. С целью организации ветеринарного контроля, на рынках города Чебоксары имеются оснащенные современным оборудованием и приборами лаборатории ветеринарно-санитарной экспертизы (ЛВСЭ). ЛВСЭ работают на 6 рынках города: ЗАО ТК «Центральный», ЗАО ТК «Шупашкар», ООО «Юго-западный рынок», ООО ТК «Северная», ООО «Южное» и совсем недавно организована работа лаборатории на сельскохозяйственной ярмарке по ул. Николаева -14 «а». На территории ООО «Южное» заканчивается строительство нового торгового павильона, в котором будет размещена новая ЛВСЭ согласно требованиям законодательства. В каждой лаборатории помимо исследований продукции животного происхождения в обязательном порядке осуществляется лабораторный контроль  растительной продукции, поступающей на рынки. Для этого в ЛВСЭ имеются обособленные отделы с отдельными приемными окнами, оснащенные необходимым оборудованием, приборами и реактивами. Вся поступающая на рынки продукция растительного происхождения подвергается ветеринарно-санитарному контролю. Для чего от каждой партии проводится отбор проб для исследований, приоритетными из которых являются исследования на содержание нитратов, нитритов, радиоактивное загрязнение, химико-токсикологические  показатели. Так в 2010 году на рынках г. Чебоксары подвергнуты исследованиям 28636 проб растительной продукции от партий общим весом 42 тыс. тонн, из них 3 тонны направлены на утилизацию по органолептическим показателям, в одной пробе зелени (петрушка) установлено повышенное содержание нитритов.  В остальных партиях овощей, фруктов, бахчевых и зелени показатели вредных веществ не превышали предельно-допустимые нормы. В текущем году лабораторный контроль прошли 5 тыс. тонн растительных продуктов. Из них не допущено для реализации 962 кг. по причине изменения органолептических показателей (гниение, наличие плесени).